財政部昨天公布，
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，宗教團體附設醫院的課徵房屋稅認定標準，
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，明年元旦起生效。由於標準寬鬆，
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，宗教醫院房屋稅形同「全免」；不過，
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，房屋稅屬地方稅，
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，這紙行政命令可能讓地方政府損失逾千萬元的稅收。
目前國內廿多家宗教團體附設醫院，
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，但這些宗教醫院繳納房屋稅，
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，卻是「一國兩制」。例如，
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，馬偕、耕莘等宗教醫院設立時，醫療法尚未立法，因此登記為「宗教團體附屬醫院」，由內政部主管，屬「慈善救濟事業」，免繳房屋稅。
但慈濟、恩主公等宗教醫院成立時，依據醫療法登記為「醫療財團法人」，由衛生署主管，須繳交房屋稅。
由於宗教醫院房屋稅制「一國兩制」，部分宗教團體「拒絕繳交房屋稅」，且與地方政府多年纏訟；行政院日前下令財政部、內政部與衛生署共同解決問題，以解決爭議。
財政部昨天針對「具宗教性質之醫療財團法人」是否繳交房屋稅公告認定基準，相關宗教醫院例如慈濟、恩主公等，如果營運虧損，或者已將當年度盈餘的一成捐助社會醫療服務，即免徵房屋稅。
財政部官員說，「百分之十」的捐助門檻相當低，宗教醫院形同免徵房屋稅。
官員也說，新標準明年實施，也就是自今年七月一日至明年六月卅日起的房屋稅案件開始適用，不能溯及既往，因此宗教團體與地方政府多年的「抗稅訴訟」，仍須依程序辦理。，