經考古學界確認，
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，核四廠區內坐擁至少兩處距今3500-4500年的新石器時代文化遺址，
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，但主管機關迄未依「文資法」登錄列冊維護。學者呼籲新北市政府應確實列冊、文化部應善盡監督保存文化遺址之責。
核四位於台灣東北角的雙溪河及石碇溪之間，
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，其中，
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，雙溪河口是凱達格蘭族的文明發源地。包括：中研院、台大及國立歷史博物館都曾在東北角進行過考古挖掘。
史博館研究人員、台大人類學研究所博士生陸泰龍指出，
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，東北角一帶目前已知的文化遺址達23處。其中，與核四廠區相重疊的有：內寮遺址、過溪仔遺址。這兩處遺址屬新石器時代（距今3500年到4500年）文化遺址，比凱達格蘭遺址的年代更為久遠。而內寮遺址可說是台灣新石器時代史前文化的縮影，具有相當的重要性。，