施惠芬曾與陸委會主委王郁琦的父親共事，
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，也是海基會董事長林中森在行政院任職期間的下屬，
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，在海陸兩會具有「人和」的優勢；只是施惠芬歷練兩岸事務僅一年半時間，
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，在協商談判上仍被外界視為「素人」，
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，接掌兩岸談判兵符對她將是一大挑戰。
在張顯耀去職後，
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，海基會秘書長一職終於塵埃落定，由甫接任陸委會副主委的施惠芬兼任。據了解，在張顯耀被告知恐涉洩密將被調職前，馬政府已經開始徵詢接替張顯耀職務的人選；自始至終都設定維持現有陸委會副主委兼任海基會秘書長的安排，以貫徹海陸兩會的指揮溝通體系。
原本外界預料，由陸委會特任副主委林祖嘉兼任海基會秘書長的機率較高，但高層經過半個月來的折衝協調，由施惠芬出線。
施惠芬與林中森、王郁琦十分有淵源，王郁琦的父親王俊夫在行政院法規會擔任簡任12職等官員時，同在法規會的施惠芬只是薦任級的科員；林中森擔任行政院秘書長時，施惠芬已高升法規會主委。，