兩岸服務貿易協議談判中，
自然排序
，這次我方在電子商務方面有所斬獲。不過，
排名系統
，國內業者要發展兩岸電子商務，
網路代銷
，科技政委張善政認為，
客戶管理系統建置
，有四大問題尚待克服。行政院政務會談明（29）日將研商對策。
四大問題包括如何面對大陸封鎖、遮擋台灣網站；兩岸金流的稅務問題待協商，
網站優化
，例如如何課關稅、營業稅；台灣的酒、醫療器材、遊戲、影音無法上網銷售；網路信賴機制待建立。
6月即將簽署的兩岸服貿協議，
虛擬主機租賃
，大陸允許台商在福建所設據點可持股55%，超出陸方對WTO的承諾，而在福建開設的網站可讓全大陸網民連線，生意範圍在全大陸，不限福建。
不過，經營兩岸電子商務市場，卻常常遇到大陸封鎖台灣網站，或入口網站遭大陸遮擋的難題，舉例來說，PChome與雅虎奇摩在大陸網購市場本來應該有很大機會，但因為大陸對我方上網的限制，最後讓大陸把我們市場搶走。
張善政認為，大陸方面應放寬對我方限制，讓兩岸電子商務市場物流可以更順暢，並符合我方業者需求。
其次，兩岸電子商務市場的稅務問題也待協商，例如如何課關稅、營業稅，如果退貨電子發票如何處理。
目前台灣製的產品，如酒、醫療器材、遊戲、影音等，無法上網銷售，也限制了電子商務市場的發展，例如金門高梁，陸客很喜歡，卻因衛生署相關規範，無法在網路上銷售。
此外，網路交易應建立消費者保護機制等。，