自由經濟示範區確定設下「高規格減稅待遇」，
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，惠及台商、外資、個人投資與外籍專業人士；減免範圍集歷年大成，
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，涵蓋所得稅、關稅、貨物稅等多項稅捐，
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，估計國庫一年釋出減稅利益500億元，
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，是目前產業創新條例減稅規模的三到四倍。
自由經濟示範區將採特別條例立法。財政部指出，
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，即使租稅待遇優渥，
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，仍有落日條款，
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，並非無限期減稅。特別條例的施行期限規劃要以十年為期，
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，其中，
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，個別減稅條款的優惠期限最長三年，部分甚至只有「一次性免稅」的機會，但多數均打破過往租稅獎勵的框架，創下前所未有的先例。
其中，最優厚的減稅待遇，首推台商及示範區內企業自海外匯回的股利、盈餘，投入示範區從事實質投資，即可享有完全免稅的優惠。
據瞭解，這項減稅利多雖然只有「一次性」機會（即符合投資條件者，匯回盈餘可免課17%的營所稅，或20%最低稅負所得稅），卻是部分長期隱匿海外的避稅資金的「大赦條款」。官員說，藉由回台投資經濟示範區的機會，將可完全擺脫再被追稅的風險。
自由經濟示範區的租稅優惠，還包括「敗部復活」條款，已隨促產條例落日的「營運總部」租稅獎勵，此次再在經濟示範區中重生。依據設計，「國際籍跨國企業」選擇在台設立區域營運總部，設立三年內，自國外關係企業取得的收益，匯回台灣進行實質投資，其營所稅率即可自17%降為10%。
在自由經濟示範區投入高度創新研發的企業，其投資抵減租稅優惠適用年限，也比國內一般企業或其他經濟特區的企業為長。區內企業可以長達三年，抵減率15%，各年度可抵減限額則為應納營所稅額的30%。
自由經濟示範區提供租稅優惠的對象，還包括外資企業。，