張顯耀案釀成軒然大波，
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，首席談判代表涉嫌共諜案，
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，馬政府已浮現「信任危機」。對內，
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，陸委會不信任談判團隊，
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，將形成寒蟬效應，
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，沒人敢坐上談判桌衝鋒陷陣；對外，
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，我方與中共之間互不信任，
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，可能導致兩岸關係倒退，衝擊台灣經濟發展。
一分檢舉資料致使馬政府陣形大亂。首先是行政決策失當，引爆了火藥庫。當陸委會主委王郁琦決定「先去職、再調查」，而不是先餵假情報、放長線釣大魚，再經檢調單位進入當事人的辦公室搜索，並查扣電腦等相關資料，早已喪失先機。
陸委會要指控張顯耀涉洩密之前，似乎沒評估可能性及後續效應。如果張顯耀是洩漏兩岸經濟協議，陸方對這類情報的需求很低，因為在兩岸經濟協議中，大多是大陸方面「讓利」，而我方只是加碼爭取更多利益，底線幾乎都攤在檯面上。
陸方最大需求是政治談判的情資。但是，如果張洩漏給陸方的是「馬習會」，涉及政治談判的敏感議題，在台灣未形成內部共識下，如果張顯耀被逼到牆角反撲，掀開潘朵拉之盒，必然掀起巨大風暴，這份機密資料反而成了他的「保命符」。
而張顯耀案構成的最大衝擊是，政府指控首席談判代表是洩密的共諜，形成對內對外的信任危機：一方面，後勤單位不信任前線談判代表，重創政府威信，另一方面則是衝著對岸而來，指控中共收買我方前線談判官員，必然衝擊到兩岸長期建立的互信。
當前台灣經濟坐困愁城，與全球和大陸接軌是對外通道，兩岸服貿協議還卡在立法院，動彈不得；中韓ＦＴＡ年底將上路，但貨貿協議還在未定之天；兩岸兩會互設辦事機構，可能停滯不前。如果再加上張案，不論調查結果是洩密、共諜還是烏龍，對兩岸關係和台灣經濟皆成重傷。，